Békés Gáspárnak 2021 elején azért szűnt meg a munkaviszonya a Főpolgármesteri Hivatallal, mert kereszténységellenes, a KDNP és a Főváros megítélése szerint „sértő” véleményt fejtett ki a Facebookon és a blogjában. Békés szerint például „a katolikus egyház elavult”, „a körülmetélés alkotmányellenes az új Alaptörvény-módosítás alapján” és a gyerekek megkeresztelését be kéne tiltani.

Egy megismételt elsőfokú bírósági perben a bíróság az elbocsátott munkavállaló javára ítélt.

Miután 2021-ben a KDNP újságja, a Vasárnap felháborodott cikkekben támadta a Városháza alkalmazottját, Semjén Zsolt felszólította Karácsony Gergelyt, hogy bocsájtsa el Békés Gáspárt, aki egyben a Magyar Ateista Társaság titkára is.

A főpolgármester teljesítette a KDNP kérését, de Békés jogi lépéseket ígért. Elsőfokon először meg is nyerte a pert, de a másodfokú bíróság hatályon kívül helyezte az ítéletet. Békés szerint azért, mert „úgy ítélték meg, hogy az elsőfok nem vizsgálta meg elég alaposan, hogy magatartásom alkalmas volt-e a munkáltató jó hírnevének, a jó közigazgatásba vetett bizalomnak, valamint a közszolgálat céljának veszélyeztetésére”.

A bíróság a megismételt elsőfokú eljárásban megállapította, hogy „a felperesnek az írásaiban megjelent véleménye pártpolitikától mentes kritikát fogalmazott meg, tárgyilagosan, annak bántó és sértő jellege nélkül”, és mivel Békés nem volt vezető pozícióban, nem volt alkalmas arra, hogy a közbizalmat csökkentse. A főváros fellebbezett.